Originaire de Graz, Thomas Kalcher est basé à Genève. Il a étudié auprès de Johann Benesch à Graz avant de suivre les cours de Milan Turkovic à l'Université de musique de Vienne, où il a obtenu un diplôme de soliste avec distinction ainsi qu'un titre de Magister Artium. Il a poursuivi ses études à la Haute École de Musique de Genève, dans la classe d'Afonso Venturieri, où il a obtenu un diplôme de musicien d'orchestre avec la mention « très bien ». Durant cette période, il s'est perfectionné  en participant à des masterclasses auprès de bassonistes renommés tels que Klaus Thunemann, William Waterhouse, Daniele Damiano et les membres de l'Ensemble Wien-Berlin. Pendant ses études, Thomas Kalcher a reçu plusieurs bourses et prix en Autriche. Il a été basson solo à l'Orchestre des jeunes de Vienne avant d'être invité par Claudio Abbado à rejoindre l'Orchestre de Jeunes Gustav Mahler en tant que basson solo, en 2002. De 2001 à 2004, il a également occupé le poste de basson solo à l'Orchestre Europa Symphony. Depuis 2005, Thomas Kalcher collabore avec des orchestres prestigieux tels que l'Orchestre de la Suisse Romande, l'Orchestre de chambre de Lausanne, l'Orchestre philharmonique de Graz, la Deutsche Kammerakademie Neuss, la Camerata Schweiz, l'Orchestre de Chambre de Genève, les Salzburg Chamber Soloists, l'Orchestre international de Genève, entre autres. Il a travaillé avec des chefs d'orchestre renommés comme F. Welser-Möst, C. Abbado, V. Giergiev, L. Hager, L. Slatkin, P. Eötvös, M. Corboz, J-P.Saraste, M. Janowski, de Billy, P. Järvi, L. Skou-Larsen et E. Krivine. De 2008 à 2014, Thomas Kalcher a occupé le poste de premier basson à l'Orchestre Symphonique du Jura. Actuellement, il est basson solo à l'Orchestre Da Vinci de Bâle, à la Sinfonietta Schaffhausen ainsi qu'à l'orchestre du festival «Jardins musicaux». Passionné par la musique de chambre, il est membre de l'ensemble Castel Camerata à Neuchâtel, ainsi que membre fondateur du trio Lignum. Pendant la saison 2024 Thomas Kalcher collaborera également avec l'Orchestre de Chambre de Berne en tant que basson solo.